基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析

编号 zgly0001667334

文献类型 期刊论文

文献题名 基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析

作者 祝友朋  刘宏莉  韩长志 

作者单位 西南林业大学生物多样性保护与利用学院  云南省森林灾害预警与控制重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S436.64 

关键词 核桃细菌性黑斑病菌  全基因组  分泌蛋白  生物信息学分析 

文摘内容 【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%;其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。