浙江千岛湖海南鳽基因组测序组装与特征分析研究

编号 zgly0001750207

文献类型 期刊论文

文献题名 浙江千岛湖海南鳽基因组测序组装与特征分析研究

作者 郑新建  宋唯真  刘敏  杨晓锋  刘阳  范忠勇  吴迟庆 

作者单位 淳安县林业局  中山大学  浙江自然博物院 

母体文献 浙江林业科技 

年卷期 2023,43(2)

页码 22-27

年份 2023 

分类号 Q959.7 

关键词 海南鳽  DNA提取  全基因组  测序组装  比较基因组学 

文摘内容 2017年,通过采集浙江淳安1只救助死亡的海南鳽Gorsachius magnificus个体进行全基因组DNA提取,使用二代测序及重头组装技术,首次开展海南鳽基因组测序组装,并将其与鹈形目Pelecaniformes中的白鹭Egretta garzetta、朱鹮Nipponia nippon、卷羽鹈鹕Pelecanus crispus、普通鸬鹚Phalacrocorax carbo这四种鸟类进行比较基因组学分析研究。结果表明:(1)组装测得海南鳽的全基因组,获得基因组大小为1.14 Gbp,重叠群N50指标为77.8 kbp,大片段N50指标为1.95 Mbp,这些指标说明海南鳽基因组大小符合预期,组装质量较为理想;(2)对该个体全基因组从头测序,获得72 Gbp的碱基数据得到约56X测序深度;(3)比较基因组分析表明,海南鳽与白鹭、朱鹮的系统关系更为接近,与卷羽鹈鹕、普通鸬鹚的进化关系较远;(4)在基因的适应性方面,海南鳽享有大量特有的基因,同时与其他夜行性鸟类一样,在感官、神经及昼夜节律调节上与其他昼行性鸟类有较大的分化。本研究从遗传上初步证实海南鳽是一种演化上非常特化的夜行性鸟类。