猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析

编号 zgly0001727607

文献类型 期刊论文

文献题名 猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析

作者 孙裴  王震震  李亮  李杰  樊玉镇  殷宗俊  徐前明  王勇  李郁 

作者单位 安徽农业大学动物科技学院  南京农业大学动物医学院 

母体文献 西北农林科技大学学报:自然科学版 

年卷期 2021,49(4)

页码 1-9

年份 2021 

分类号 S852.65 

关键词 猪流行性腹泻病毒  全基因组  序列分析  安徽省 

文摘内容 [目的]对猪流行性腹泻病毒安徽毒株AH-2018-HF1进行全基因组测序,了解该毒株的分子生物学特征和遗传进化情况,为PEDV的进化和变异研究提供参考。[方法]从PEDV阳性病料(肠道组织)中提取RNA,反转录获得cDNA。将PEDV基因分为9段,设计相应的引物,采用分段重叠法对PEDV基因组进行分段扩增,扩增产物经克隆测序后,采用DNAstar软件拼接,获得全基因组,将此全基因序列与GenBank上公布的国内外25株PEDV毒株进行比对和分析。[结果]PCR扩增获得了4036,3724,2874,3600,3950,4187,3576,2953和1138 bp的9条目标片段,测序拼接后获得了27937 bp的PEDV全长基因组。AH-2018-HF1株与经典株CV777(疫苗株)全基因序列同源性为97.7%,S基因同源性为96.7%,ORF3基因同源性为90.8%。全基因组序列对比发现,AH-2018-HF1株与SD-M株同源性最高,为99.9%;与PEDV/MEX/QRO/02/2017同源性最低,为96%。S基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在2319-2320位缺失3 bp碱基(GTT);与CV777、LZC株相比,AH-2018-HF1株在459-460位缺失3 bp碱基(ATA);和国内外变异毒株相比,AH-2018-HF1株在174-175位缺失12 bp碱基(CAGGGTGTCAAT),在461-462位插入6 bp碱基(TGGAAA)。ORF3基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在245-296位有49个碱基缺失。全基因组系统进化树分析表明,AH-2018-HF1与SD-M亲缘性最近,与CV777亲缘性较近,与国内外变异毒株的亲缘关系较远;S基因系统进化结果与全基因组系统进化结果相似;ORF3基因系统进化分析结果与全基因组系统进化结果不同。[结论]AH-2018-HF1仍属于经典毒株,但存在一定的变异,表明PEDV处于不断的进化中。