塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

编号 zgly0001723665

文献类型 期刊论文

文献题名 塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

作者 韩宇  王秀明  张斌  乌吉斯古楞  巨敏莹  刘建奇  宋庆庆  关平原 

作者单位 内蒙古农业大学兽医学院农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室  金宇保灵生物药品有限公司兽医疫苗国家工程实验室 

母体文献 中国动物检疫 

年卷期 2020年12期

年份 2020 

分类号 S852.65 

关键词 塞内卡病毒  全基因组  序列分析 

文摘内容 为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5’UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3’UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAILPurdue432016和USAINPurdue36982016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。