陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

编号 zgly0001747073

文献类型 期刊论文

文献题名 陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

作者 朱小甫  吴旭锦  郑红青  尹宝英  熊忙利 

作者单位 咸阳职业技术学院咸阳市动物疫病分子生物学诊断技术研究重点实验室 

母体文献 西北农林科技大学学报:自然科学版 

年卷期 2023,51(2)

页码 1-10

年份 2023 

分类号 S852.659.6 

关键词 猪流行性腹泻病毒  S基因  基因序列分析  生物学信息  陕西省 

文摘内容 【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4149~4167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978~OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%~98.3%,氨基酸同源性为91.0%~98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%~98.5%,氨基酸同源性为87.8%~98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%(88/1383),其中在59~62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160~161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。