木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析

编号 zgly0001677873

文献类型 期刊论文

文献题名 木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析

作者 李雪萍  李建宏  漆永红  郭成  李潇  李敏权 

作者单位 甘肃省农业科学院植物保护研究所  甘肃农业大学草业学院 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S432.44 

关键词 木贼镰孢菌  全基因组  非编码RNA  重复序列  比较基因组学 

文摘内容 木贼镰孢菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样。本研究基于Illumina Hiseq 4000和Pac Bio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定及组装,共组装出16个基因组片段,GC含量48.01%,总长40 776 005个碱基,Gap数为0。对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA、重复序列等基因组信息均进行分类统计,外显子40 110个,总长19787 286 bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500～1 499 bp,tRNA 333个,rRNA 71个,sRNA 69个,snRNA 31个,miRNA 108个,共预测的重复序列1 713 918 bp,占基因组4.2033%。比较基因组学分析发现木贼镰孢菌组装结果较好,特有基因3 483个和共有基因1 805个,并对共有基因进行了COG分类注释。基因家族分析发现2 500多个单拷贝同源基因。构建进化树发现木贼镰孢菌和假禾谷镰孢菌的遗传距离最近,在全基因组水平上确定了其进化地位。本研究为基因表达的调控机制、基因功能演化分析、病害防控等研究提供基础的数据。