拟南芥泛素家族的全基因组分析

编号 zgly0000710118

文献类型 期刊论文

文献题名 拟南芥泛素家族的全基因组分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 强承魁  凤舞剑  王胜永  赵虎  苏新林  周保亚 

作者单位 徐州生物工程职业技术学院农林工程系  徐州生物工程职业技术学院教务处 

母体文献 基因组学与应用生物学 

年卷期 2010(5)

年份 2010 

分类号 Q943.2 

关键词 拟南芥  泛素家族  全基因组  生物信息学分析 

文摘内容 泛素家族是一类含有保守性泛素结构域的蛋白质统称,主要通过ATP依赖性的泛素-蛋白水解酶复合体通路选择性降解细胞蛋白的各种生理活动。本研究基于HMM模型,已知泛素氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥信息资源数据库并鉴定AtUBQ家族成员,然后对这些基因编码的蛋白质序列进行基因结构分析、染色体定位、多序列联配、系统发育树构建和组织差异表达分析。结果表明,AtUBQ家族中共有13个推定的AtUBQ基因,命名为AtUBQ01~AtUBQ13,均属无内含子基因且结构基本相同,非均匀分布于拟南芥5条染色体;AtUBQ家族可划分为A、B和C3个亚家族,其中76.92%的基因编码蛋白质属于A亚家族;EST搜索发现除AtUBQ02和AtUBQ07基因无EST数据支持外,余下的AtUBQ基因在拟南芥根、芽和叶等7个组织中呈现差异表达,仅见AtUBQ08和AtUBQ10基因在上述7个组织中均表达,而AtUBQ03基因仅表达于叶中。本研究结果可为进一步开展该家族的生物学功能和分子进化机制的研究提供基础资料。