植物SNP数据库及转化CAPS的方法

编号 zgly0000476079

文献类型 期刊论文

文献题名 植物SNP数据库及转化CAPS的方法

作者 刘学军  闫双勇  刘小红  苏京平  马忠友  孙林静  卢百关 

作者单位 天津市水稻研究所  西华师范大学生命科学学院  江苏省连云港市农科院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2006,4(3)

页码 443-447

年份 2006 

分类号 S511  Q943 

关键词 单核苷酸多态性  SNP数据库  酶切扩增多态性序列 

文摘内容 单核苷酸多态性(SNP)在植物基因组中广泛存在, 基于SNP的分子标记也正越来越广泛地应用到植物基因定位、图位克隆及分子标记辅助育种等方面。模式植物拟南芥和水稻的全基因组序列测定已经完成, 拟南芥有两种生态型完成了全序列测定, 水稻有两个品种完成了全序列测定。许多植物有来自不同品种或不同组织器官或生长发育阶段的大量的EST序列。这些序列是植物SNP开发的重要资源。利用生物信息学手段对全基因组序列或EST序列进行分析已经形成了许多SNP位点数据库, 这些数据库的建立为基于SNP的基因功能研究及分子标记开发提供了宝贵的资源。本文对植物SNP位点开发涉及的数据库资源及已经形成的SNP位点数据库进行了总结, 并讨论了将SNP位点转化成CAPS或dCAPS标记的方法和相应的工具软件。