柑橘CAPS标记和AS-PCR引物的开发

编号 zgly0001433499

文献类型 期刊论文

文献题名 柑橘CAPS标记和AS-PCR引物的开发

作者 雷天刚  何永睿  彭爱红  许兰珍  刘小丰  姚利晓  邹修平  江东  陈善春 

作者单位 中国农业科学院柑橘研究所  西南大学柑橘研究所  国家柑橘工程技术研究中心  国家柑橘品种改良中心 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2012年06期

年份 2012 

分类号 S666 

关键词 柑橘  表达序列标签  单核苷酸多态性  酶切扩增多态性序列  等位基因特异PCR 

文摘内容 以从GenBank中下载的93 955条甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]EST序列为源序列,利用QualitySNP软件包从中挖掘出1 521个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点。进一步利用酶切位点查找软件WatCut进行分析,发现其中125个SNP为酶切扩增多态性序列(cleavedamplified polymorphic sequences,CAPS)位点。随机挑选40个CAPS候选位点设计引物,对12个含多种类型的柑橘品种进行分型,以此验证各标记的有效性。同时,还挑选了25个经生物信息学预测可导致其编码蛋白氨基酸序列改变的SNP位点,分别设计出一组等位基因特异PCR(allele specific PCR,AS-PCR)引物,以6个不同类型柑橘品种的DNA为模板进行PCR扩增,扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳进行检测,筛选多态性引物。结果显示,40个CAPS候选位点中有26个位点具有酶切扩增多态性,且分型结果稳定,可作为CAPS标记。此外,还筛选获得15组在不同柑橘品种间检测到多态性的AS-PCR引物,重复性好,可有效用于柑橘品种的SNP分型。