毛白杨纤维素合酶基因PtCesA4的克隆、表达及单核苷酸多态性分析

编号 zgly0000629450

文献类型 期刊论文

文献题名 毛白杨纤维素合酶基因PtCesA4的克隆、表达及单核苷酸多态性分析

学科分类 220.5540;木材学

作者 徐煲铧  杨晓慧  李百炼  张志毅  张德强 

作者单位 北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室  北京林业大学林木育种国家工程实验室  美国北卡罗莱纳州立大学林学系北卡罗莱纳州NC27695-8203 

母体文献 林业科学 

年卷期 2009,45(5)

页码 1-10

年份 2009 

分类号 S718.46  Q943.2 

关键词 毛白杨  木质纤维素  纤维素合酶  单核苷酸多态性 

文摘内容 组合利用生物信息学和RT-PCR方法,首次从毛白杨未成熟木质部cDNA中分离出PtCesA4cDNA全长,并进行测序和序列分析,结果表明克隆的毛白杨PtCesA4 cDNA片段总长为3757bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为3129bp,可编码长度为1042个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtCesA4、水稻OsCesA1和火炬松PtCesA2的蛋白质氨基酸序列同源性分别为80.3%,78.9%和75.6%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtCesA4基因在杨树根、茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同：PtCesA4在成熟叶片、未成熟木质部和成熟木质部中表达丰度最高,在根部和顶端分生组织表达丰度中等,在树皮和韧皮部有少量表达,在形成层中表达丰度最低。在此基础上,组合利用MEGA3.1和DnaSP4.50.4软件对毛白杨40株基因型个体的PtCesA4序列进行比对和分析,检测到153个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点,SNP频率为1/35bp,多样性指数π为0.00502。其中51个是常见SNPs,102个为罕见SNPs。在这些SNPs中,有118个属于转换,35个属于颠换。在外显子区域,共检测到69个SNP位点,其中59个为同义突变,10个为错义突变。对PtCesA4基因内SNPs进行的连锁不平衡分析结果显示,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部迅速衰退,因此,在毛白杨中,基于PtCesA4基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。研究结果为毛白杨PtCesA4基因的连锁不平衡作图及其基因辅助毛白杨木材纤维性状的分子育种提供了理论依据。