毛白杨S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的克隆、表达及SNP关联分析

编号 zgly0000817402

文献类型 期刊论文

文献题名 毛白杨S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的克隆、表达及SNP关联分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 巩琛锐  王璐  杜庆章  张德强 

作者单位 北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室林木育种国家工程实验室 

母体文献 林业科学 

年卷期 2013(11)

页码 67-76

年份 2013 

分类号 S718.46 

关键词 毛白杨  S一腺苷高半胱氨酸水解酶  单核苷酸多态性  连锁不平衡  木材品质性状 

文摘内容 组合运用分子生物学及生物信息学方法, 首次从毛白杨成熟木质部中分离出编码s-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的cDNA克隆。序列分析表明, 毛白杨PtSAHHAeDNA片段全长为1935bp, 其内部含有大小为1458bp的完整开放阅读框架, 可编码含有485个氨基酸残基的蛋白质。组织特异性Realtime-PCR结果显示, PtSAHHA在木质部中表达丰度最高, 在形成层和老叶中表达丰度中等, 在嫩叶中表达丰度最低。在此基础上, 组合利用MAGE5.0和DnaSP5软件对毛白杨自然群体中45株基因型个体的PtSAHHA序列进行对比和分析, 共检测到166个单核苷酸多态性(SNP)位点, SNP频率为1/15bp, 多样性指数πτ为0.01058。在外显子区域共检测到88个SNP位点, 其中同义突变位点34个, 错义突变位点53个及1个无义突变位点; 同义突变的核苷酸多样性πSynanymous=0.02491, 是非同义突变核苷酸多样性πnonaynonymous=0.00233的10倍, 推测毛白杨PtSAHHA基因编码区在毛白杨物种演化过程中受到较强的纯化选择压力。对PtSAHHA基因内的SNPs连锁不平衡分析结果表明, 随着核苷酸序列长度增加至800bp, 即r^2〈0.1, SNPs的连锁不平衡水平已衰退至不明显。在此基础上, 在由426株毛白杨基因型个体组成的关联作图群体内, 对频率大于10%的42个常见SNP标记位点与6个木材品质性状进行关联分析, 检测到3个SNP标记与3个表型性状显著关联。研究结果为基于分子标记的毛白杨优良木材品质性状定向辅助育种提供理论依据。