基于二代测序哈巴乌头叶绿体基因组分析

编号 zgly0001747714

文献类型 期刊论文

文献题名 基于二代测序哈巴乌头叶绿体基因组分析

作者 马福仙  魏健生  耿云芬  张汉尧 

作者单位 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室  云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室  哈巴雪山省级自然保护区管护局 

母体文献 西部林业科学 

年卷期 2023,52(1)

页码 175-181

年份 2023 

分类号 S567.239 

关键词 哈巴乌头  Illumina测序  叶绿体基因组  密码子偏好性 

文摘内容 为了解哈巴乌头叶绿体基因组特征及密码子偏好性,本研究采用Illumina HiSeq对哈巴乌头叶绿体基因组进行测序,组装获得完整叶绿体基因组序列,并利用CUSP和Codon W软件分析该物种叶绿体基因组密码子偏好性。结果显示:哈巴乌头叶绿体基因组全长155800 bp,是典型的四分结构,由1对长为29296 bp的IR、1个长为16864 bp的SSC和1个长86399 bp的LSC组成;该基因组包括84个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因;系统进化分析显示,哈巴乌头和中甸乌头聚在同一个分支;叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.65%)》GC2(39.71%)》GC3(29.01%),说明其偏好以A/U结尾;有效密码子数(ENC)范围为36.77~58.98,ENC值》45的编码序列有36个,说明密码子偏性低;中性绘图等分析显示哈巴乌头叶绿体基因组密码子偏好性受选择的影响较大;最优密码子有14个,均以A/U结尾。本研究为哈巴乌头叶绿体基因工程、种源鉴定等研究提供参考依据。