樟叶槭叶绿体基因组序列密码子偏性分析

编号 zgly0001747570

文献类型 期刊论文

文献题名 樟叶槭叶绿体基因组序列密码子偏性分析

作者 段祥光  于涛  曹萌  马文宝 

作者单位 信阳师范学院旅游学院  中节能生态产品发展研究中心  中国消防救援学院  四川省林业科学研究院 

母体文献 西北林学院学报 

年卷期 2023,38(1)

页码 102-107

年份 2023 

分类号 S792.35 

关键词 樟叶槭  叶绿体基因组  密码子  偏好性  最优密码子 

文摘内容 为确定槭属樟叶槭叶绿体基因组密码子使用模式和原因,通过对樟叶槭叶绿体基因组中筛选的53条基因序列进行中性绘图、ENC-plot与PR2-plot等分析,确定樟叶槭叶绿体基因组密码子偏好性基本特征与其最佳密码子的构成,分析过程中主要使用Codon W 1.4.2、CUSP、R等软件。结果表明,共有28个密码子,且均以A或U结尾,说明樟叶槭叶绿体基因组密码子对A/U结尾偏好。密码子第1、2和3位上的GC平均含量分别为47.04%、39.56%与29.66%,GC平均含量为38.75%,ENC范围在37.60~57.16,其中ENC小于45的只有11个,表明樟叶槭叶绿体基因组密码子存在较弱的偏性。PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于右下方位置;最优密码子确定为UGU、CAA、GUU等15个最优密码子。该结果为槭属植物叶绿体基因组进化与转化体系中载体构建研究提供参考依据。