九叶青花椒叶绿体基因组结构及系统进化分析

编号 zgly0001747457

文献类型 期刊论文

文献题名 九叶青花椒叶绿体基因组结构及系统进化分析

作者 刘霞  孙冲  黄勤琴  谢润泸  刘浩文  陈泽雄 

作者单位 重庆文理学院园林与生命科学学院  长江大学园艺园林学院/香辛作物研究院  重庆三峡学院生物与食品工程学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2023,36(1)

页码 100-108

年份 2023 

分类号 S718.46 

关键词 高通量测序  花椒属  叶绿体基因组  九叶青花椒  系统进化 

文摘内容 [目的]揭示九叶青花椒叶绿体基因组的结构特征及其与其他物种的系统进化关系,为花椒属种质资源的鉴定、新品种的培育及品种间的遗传分析提供参考。[方法]使用改良CTAB法提取九叶青花椒叶片总DNA。利用BGISeq-500平台进行高通量测序,SPAdes v3.13.0软件组装叶绿体基因组,通过GeSeq注释九叶青花椒的全叶绿体基因组信息,对其叶绿体基因组序列的结构特征、重复序列、密码子偏好性及系统进化关系进行分析。[结果]九叶青花椒叶绿体基因组为典型的四分体组成结构,全长序列为158579 bp,编码133个基因;测到19个串联重复序列,49个长片段重复,70个简单重复序列;九叶青花椒叶绿体基因组中的蛋白编码基因共有26398个密码子(不包括终止密码子),在密码子第三位碱基上有较强的A/T碱基偏好性。[结论]本研究首次组装了九叶青花椒叶绿体基因组全序列,明确了花椒属为单系类群,九叶青花椒与野花椒(Z.simulans)关系密切,这将为花椒的遗传信息、花椒种质资源评价、分子育种、cpSSR分子标记的开发及遗传多样性等研究提供了重要参考。