2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

编号 zgly0001748004

文献类型 期刊论文

文献题名 2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者 沈莲文  田金红  王玉昌  杨林  亚华金  王大玮 

作者单位 西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室  西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室 

母体文献 西南林业大学学报:自然科学 

年卷期 2023,43(2)

页码 44-53

年份 2023 

分类号 S685.15 

关键词 二乔玉兰  日本辛夷  叶绿体基因组  密码子偏好性 

文摘内容 利用Codon W、CUSP及R语言等软件对2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性进行分析。结果表明:两者叶绿体基因组密码子的GC含量均为GC_(1)》GC_(2)》GC_(3),说明密码子第3位碱基A/U含量高。大部分有效密码子数(ENC)都在45以上,CAI平均值为0.167,说明密码子偏好性弱。ENC-plot、PR2-plot及中性绘图分析表明GC_(1)、GC_(2)与GC_(3)之间相关性不明显;且第3位碱基使用频率为T》A,G》C,说明2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的偏好形成受到自然选择和基因突变的共同影响,自然选择为主要影响因素。利用相对使用度(RSCU)、ENC值共筛选出30个最优密码子,大部分以A/U结尾,证明二乔玉兰和日本辛夷2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基偏好A/U。