苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析

编号 zgly0001739002

文献类型 期刊论文

文献题名 苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者 梁湘兰  郭松 

作者单位 广西科技师范学院食品与生化工程学院  广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发重点实验室 

母体文献 西北林学院学报 

年卷期 2022,37(2)

页码 121-126

年份 2022 

分类号 Q943.2 

关键词 叶绿体基因组  苦马豆  密码子偏好性  最优密码子 

文摘内容 为确定苦马豆叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2、CUSP、Chips等软件,对苦马豆叶绿体基因组中可编码蛋白质基因的密码子偏好性进行分析。结果表明,密码子第3位GC含量最低,为27.14%,29个RSCU》1的密码子中28个以A、U结尾,苦马豆叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾。有效密码子数ENC平均值为47.110,密码子偏好性较弱。GC_(1)、GC_(2)与GC_(3)无相关性,ENC与GC_(3)相关性显著,GC_(3)对密码子的偏好性存在影响。中性绘图分析和PR2-plot图分析表明,密码子偏好性主要受到选择因素的影响,而ENC-plot绘图分析发现,密码子偏好性还受到突变因素的影响。最终通过构建高低基因表达库,得到GAA、CGA、UUG、GUU、AUU、UCA、CAU、CAA、CCA、ACU、GCU、UUA、UAU、AAA、GAU、GGU 16个最优密码子。研究结果对苦马豆资源的开发和利用具有重要意义。