小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析

编号 zgly0001747225

文献类型 期刊论文

文献题名 小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者 李亚麒  黄家雄  娄予强  付兴飞  王健敏  李亚男  吕玉兰  李贵平  程金焕 

作者单位 云南省农业科学院热带亚热带经济作物研究所  云南省农村科技服务中心 

母体文献 西北林学院学报 

年卷期 2023,38(2)

页码 92-99

年份 2023 

分类号 S571.2 

关键词 小粒咖啡  铁皮卡  叶绿体基因组  密码子偏好性  最优密码子 

文摘内容 为了解铁皮卡叶绿体基因组密码子的使用特征及其成因,以筛选的52条蛋白编码序列为研究对象,利用CodonW和CUSP在线软件对其密码子使用特征进行系统分析。结果表明,基因组各位置的GC含量GC 1、GC 2、GC 3分别为47.47%、39.52%、27.92%,30个高频密码子中,以U结尾占比53.33%,以A结尾占比43.33%,以G结尾占比3.33%,说明铁皮卡叶绿体基因偏好使用NNA和NNU型密码子,尤其偏好使用NNU型密码子。有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、最优密码子频率(Fop)分别为46.85、0.167、0.352,均揭示该基因组的密码子偏性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot以及对应分析揭示密码子的偏好性受到选择及其他因素共同作用,最终确定了AUU、GUU和UCU等20个最优密码子。表明铁皮卡叶绿体基因组密码子的偏性较弱,偏好AU结尾的密码子。密码子的使用偏好性受到突变及选择等多种作用共同影响。