秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

编号 zgly0001716018

文献类型 期刊论文

文献题名 秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作者 赵森  邓力华  陈芬 

作者单位 北部湾大学广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室  中国科学院亚热带农业生态研究所亚热带农业生态过程重点实验室 

母体文献 森林与环境学报 

年卷期 2020年05期

年份 2020 

分类号 Q943.2 

关键词 秋茄  叶绿体基因  密码子偏好性  最优密码子 

文摘内容 为了确定秋茄叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,以筛选到的50条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性进行分析。结果表明:秋茄叶绿体基因组密码子第3位的GC含量（GC3）较低,平均值为27.62%,有30个密码子的相对同义密码子使用度(URSC)>1,其中以A/U结尾的密码子29个,说明秋茄叶绿体基因组偏向使用以A/U结尾的密码子;有效密码子数(Nec)的平均值为47.02,密码子使用偏好性较弱;Nec和GC3之间呈显著正相关（r=0.329,P<0.05）,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC3 和GC12相关性显著（r=0.464,P<0.01）,回归系数为0.706 4,说明突变对密码子使用偏好性有重要影响。Nec-plot分析和奇偶偏好性分析表明,自然选择也是重要的影响因素。基于rbc L基因序列的系统进化树和基于URSC值的聚类分析有一定的相似性,表明密码子使用偏好性与物种之间的亲缘关系有关。综合分析表明,突变是秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性的重要因素,同时自然选择和碱基组成也有一定影响。ACC、ACA和GCA为最优密码子。