糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析

编号 zgly0001568297

文献类型 期刊论文

文献题名 糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析

作者 刘慧  王梦醒  岳文杰  邢光伟  葛玲巧  聂小军  宋卫宁 

作者单位 西北农林科技大学农学院 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S516 

关键词 糜子  叶绿体  密码子偏好性  最优密码子 

文摘内容 密码子使用偏性（CUB）是生物体重要的进化特征,对研究物种进化、基因功能以及外源基因表达等具有重要科学意义。本研究利用糜子（Panicum miliaceum L.）叶绿体基因组中筛选出的53条蛋白编码序列,对其密码子使用模式及偏性进行了分析。结果表明,糜子叶绿体基因的有效密码子数（ENC）在37.1461之间,多数密码子的偏性较弱。相对同义密码子使用度（RSCU）分析发现,RSCU>1的密码子有32个,其中28个以A、U结尾,表明第3位密码子偏好使用A和U碱基。中性分析发现,GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率为0.2129,表明密码子偏性主要受到自然选择的影响;而ENC-plot分析发现大部分基因落在曲线的上方及周围,表明突变也影响了密码子偏性的形成。进一步的对应性分析发现,第1轴为主要影响因素,解释了17.92%的差异,其与ENC、GC3S值的相关性均达到显著水平,但与CBI、GCall不相关。最后,9个密码子被鉴定为糜子叶绿体基因组的最优密码子,糜子叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用。