基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析

编号 zgly0001566152

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析

作者 胡福初  陈哲  郭利军  罗志文  陈业光  范鸿雁  王祥和 

作者单位 海南省农业科学院热带果树研究所农业部海口热带果树科学观测实验站海南省热带果树生物学重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年12期

年份 2017 

分类号 S667.9 

关键词 莲雾  转录组  密码子偏好性  最优密码子 

文摘内容 本研究以莲雾转录组中筛选出50 360条Unigene为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行了密码子偏好性分析以及多元统计分析。结果表明,莲雾转录组数据中的17 723条高置信蛋白编码基因CDS序列的平均总GC含量为49.47%,同义密码子第三位出现G或C的频率为50.91%,比出现A或T的频率高,有效密码子数(ENC)取值介于23.7~61.0,平均为58.4;确定了16个莲雾最优密码子,其中15个密码子以A/T结尾,仅有1个以G结尾,说明莲雾最优密码子偏爱以A/T结尾。通过和17种植物的密码子使用频率进行比较,发现RSCU值相对于GC3s含量是评估植物进化关系一个更好的参数。同时我们还确定了20个氨基酸密码子双联密码子的序列情况。本研究结果对指导莲雾基因改造,遗传转化,新基因的发现、功能基因表达调控研究,蛋白质结构和功能预测、以及与其他物种的比较基因组学研究和分子标记育种等基因工程问题具有一定的参考价值。