基于高通量测序的铁皮石斛叶片转录组分析

编号 zgly0001528792

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的铁皮石斛叶片转录组分析

作者 吴超  彭娟  向林  顾敏  秦德辉  丁晓瑜  郭方其 

作者单位 浙江省农业科学院园艺研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 S567.239 

关键词 铁皮石斛转录组  生物信息学  功能注释  SSR 

文摘内容 采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对铁皮石斛(Dendrobium officinale)转录组进行测序,共获得11 153 295 000 nt数据。对测序获得数据(reads)进行序列拼接组装,共获得121 596个单基因簇,序列平均长度为660 bp,整体序列信息达到了40.16 Mb。再应用生物信息学相关数据库进行比对,结果表明,本测定获得的52 345个Unigene能够在数据库中检索到相关功能注释。通过GO数据库比对,测序获得Unigene功能分类可分为3大类57个分支,其中有大量的Unigene与细胞、催化活性、细胞部分、细胞器等相关功能。通过COG数据库比对,测序获得Unigene功能注释到25类直系同源蛋白分类中如转录、复制,重组和修复、翻译,核糖体结构和生物起源等。以KEGG数据库作为参考,依测序获得Unigene可定位到128个代谢途径分支,如脂类代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢等。进一步利用软件查找SSR位点发现,从Unigene中共找到9 892个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、CCG/CGG和AGG/CCT。