牡丹EST序列中的微卫星分析

编号 zgly0000731550

文献类型 期刊论文

文献题名 牡丹EST序列中的微卫星分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 贾小平  史国安  孔祥生  范丙友  张龙 

作者单位 河南科技大学农学院 

母体文献 北方园艺 

年卷期 2011(17)

页码 131-133

年份 2011 

分类号 S685.11 

关键词 牡丹  EST序列  微卫星分布  功能注释 

文摘内容 NCBI的dbEST数据库中2 204条牡丹EST序列经过预处理获得2 048个高质量的序列,经拼接,获得318个Contigs和636个Singlets。其中142条拼接序列共检测出167个微卫星(简单序列重复,SSR),平均1.18个SSR/Contig或Singlet。这些微卫星从二至四核苷酸重复都有出现,二、三核苷酸重复类型占多数(97.61%),其中二核苷酸重复为46.71%,三核苷酸重复为50.90%。二核苷酸重复类型中出现最多的是AG/TC和GA/CT,分別占SSR总数的20.36%和16.77%,三核苷酸重复类型以AGA/TCT、GAT/ATC最多,分别占总SSR的5.40%。最后对含有微卫星的Contigs和Singlets进行基因注释、功能分类。