应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析

编号 zgly0001631468

文献类型 期刊论文

文献题名 应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析

作者 毛立彦  龙凌云  檀小辉  檀业维  韦勇杰  於艳萍  宾振钧  覃剑锋  覃茜  金刚 

作者单位 广西壮族自治区亚热带作物研究所 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2018年05期

年份 2018 

分类号 S567.239  S682.31 

关键词 石斛  EST序列  SNP位点 

文摘内容 利用生物信息学手段,从NCBI中db EST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析。采用DNASTAR软件中的SeqMan程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2 267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点。经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17%,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点。不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点。突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5%、37.7%、1.8%。通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89%以上。