基于EST的猕猴桃SSR标记的建立

编号 zgly0001378621

文献类型 期刊论文

文献题名 基于EST的猕猴桃SSR标记的建立

作者 姜春芽  徐小彪  廖娇  辜青青  刘善军  陈金印 

作者单位 江西农业大学农学院 

母体文献 果树学报 

年卷期 2010年04期

年份 2010 

分类号 S663.4 

关键词 猕猴桃  EST序列  SSR标记 

文摘内容 利用NCBI公共数据库最新公布的猕猴桃EST(Expressed Sequence Tag)序列,开发猕猴桃的SSR(Simple Se-quence Repeats)标记。对来源于猕猴桃(Actinidia spp.)非冗余EST数据库(NCBI dbEST)的56400条基因序列使用SSRHunter1.3软件进行了SSR筛查,从中共获得了7939条SSR。应用Primer5.0软件设计合成了85对猕猴桃EST-SSR引物,从中筛选出可进行荧光标记的6对引物:Ad01、Ad02、Ad03、Ad09、Ad42、Ad72。利用该6对EST-SSR荧光标记引物在DNA测序仪上对猕猴桃种质的多态性进行了PCR检测,结果表明均能清晰地产生多态性分离。研究结果表明,通过猕猴桃EST数据库的发掘能够有效地筛选到基因水平的SSR标记。