小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

编号 zgly0001742979

文献类型 期刊论文

文献题名 小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

作者 王艺儒  索玉静  傅建敏 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究所 

母体文献 西北农林科技大学学报:自然科学版 

年卷期 2022,50(7)

页码 147-154

年份 2022 

分类号 S665.201 

关键词 小果甜柿  果树育种  转录组  SSR  SNP  INDEL 

文摘内容 【目的】对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。【方法】以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。【结果】在小果甜柿果实转录组中共发现42427个SSR位点,分布于26928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5~20次,SSR序列长度介于10~74 bp。共检测到1070614个SNP位点和167924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。【结论】小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。