基于盾叶薯蓣转录组的SNP和SSR位点分析

编号 zgly0001566505

文献类型 期刊论文

文献题名 基于盾叶薯蓣转录组的SNP和SSR位点分析

作者 化文平  韩立敏  魏磊  毕淮龙 

作者单位 陕西学前师范学院生命科学与食品工程学院  陕西师范大学西北濒危药材资源开发国家工程实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年10期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S632.1 

关键词 盾叶薯蓣  转录组  SNP  SSR 

文摘内容 盾叶薯蓣是中国特有的甾体激素类药源植物,但关于其种质资源遗传多样性和分子标记辅助育种的研究相对较少。本研究在盾叶薯蓣转录组分析的基础上,进一步挖掘其SNP和SSR分子标记。研究发现,盾叶薯蓣转录组的37 115条unigene中含有124 692个SNP位点,平均每条unigene含3.36个SNP位点。用软件MISA对盾叶薯蓣转录组进行搜索发现13 514个SSR位点分布于11 615条unigene序列中,SSR发生频率为13.66%,平均每7.18 kb含1个SSR位点。共筛选设计出4 329对SSR引物。本研究不仅丰富了盾叶薯蓣的分子标记,为其遗传资源评价、种质资源鉴定与改良提供帮助,而且对盾叶薯蓣功能基因资源的开发利用及其比较基因组学研究具有重要的价值。