鸟巢蕨转录组高通量测序及分析

编号 zgly0001478053

文献类型 期刊论文

文献题名 鸟巢蕨转录组高通量测序及分析

作者 贾新平  孙晓波  邓衍明  梁丽建  叶晓青 

作者单位 江苏省农业科学院农业生物技术研究所  江苏省农业生物学重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2014年11期

年份 2014 

分类号 S682.35 

关键词 鸟巢蕨  转录组  生物信息学  功能注释  SSR 

文摘内容 采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对鸟巢蕨转录组(Asplenium nidus)进行测序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数据库中的序列同源性比较表明,24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支,其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现,从42 907个Unigene中共找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列,设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测,其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。