基于高通量测序的金钗石斛叶转录组数据分析

编号 zgly0001577097

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的金钗石斛叶转录组数据分析

作者 牛俊奇  苏建睦  王小敏  莫昭展 

作者单位 玉林师范学院生物与制药学院  广西农产资源化学与生物技术重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S567.239 

关键词 金钗石斛  转录组  生物信息学分析  功能注释  高通量测序 

文摘内容 本研究采用Illumina Hiseq4000对金钗石斛(Dendrobium nobile)叶转录组进行测序,共获得5.6 Gb数据。组装并去冗余后得到61 998个Unigene,其总长度,平均长度,N50以及GC含量分别为53 773 338 bp、867 bp、1 482 bp和43.09%。将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,最终分别有34 250(NR:55.24%),28 010(NT:45.18%)、22 029(Swissprot:35.53%)、13 384(COG:21.59%)、25 754(KEGG:41.54%)、7 731(GO:12.47)以及25 407(Interpro:40.98%)个Unigene获得功能注释。在KEGG数据库中,注释上的与碳水化合物代谢、萜类和黄酮类化合物代谢、以及多糖合成相关的Unigene分别有2 819个、706个和559个。根据注释结果共检测出34 096个CDS,未注释上的Unigene使用ESTScan预测后获得2 108个CDS。检测出7 165个SSR分布于6 264个Unigene中,其中在不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、AT/AT和AGG/CCT。同时,预测出1 234个编码转录因子的Unigene。该转录组测序分析为金钗石斛次生代谢和转录组方面研究提供了一定的理论参考。