基于RNA-Seq技术的换锦花转录组分析

编号 zgly0001566155

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq技术的换锦花转录组分析

作者 李青竹  张永春  杨柳燕  孙翊  李心 

作者单位 上海市农业科学院林木果树研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年12期

年份 2017 

分类号 S682.29 

关键词 换锦花  转录组测序  生物碱合成  SSR 

文摘内容 换锦花是我国重要的观赏和药用花卉,其植株富含多种生物碱成分,具有良好的经济价值和社会价值。但是换锦花同许多药用植物一样,缺乏基因信息,这限制了其基因功能的挖掘和研究。本研究以盛叶期换锦花的鳞茎和叶片混合样品为材料,利用Illumina Next SeqTM500测序平台对其进行转录组测序,共获得42 509 194条干净数据(clean reads),总碱基数为6 242 970 322 bp。Clean reads经de novo组装后获得86 243条unigenes。进一步利用五大公共数据库进行同源比对,共注释到42 818个Unigenes。对Unigenes进行GO和KEGG功能分类,分别获得67个功能群和263个Pathway,发现了部分生物碱合成途径的候选基因,并查找到11 626个SSR位点。本研究为换锦花生物碱合成分子机理的研究和遗传多样性分析奠定基础。