马尾松转录组测序和分析

编号 zgly0001460071

文献类型 期刊论文

文献题名 马尾松转录组测序和分析

作者 王晓锋  何卫龙  蔡卫佳  阮倩倩  潘婷  季孔庶 

作者单位 林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  南京林业大学 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2013年03期

年份 2013 

分类号 S791.248 

关键词 马尾松  转录组测序  Illumina 高通量测序技术  SSR 

文摘内容 本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGGpathway数据库,对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测,共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能,并关联到135条生物学通路。SSR查找发现,从83680个contig中找到889个SSR位点,占contig总数的比例为1.06%。其中,三核苷酸重复所占比例最高,达到48.37%,其次是六核苷酸重复,为19.12%,比例最低的是四核苷酸重复,仅为4.72%,二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同,分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为AT/AT,其次是AGC/CTG和AAG/CTT。