日本落叶松EST-SSR标记挖掘及特征分析

编号 zgly0000817697

文献类型 期刊论文

文献题名 日本落叶松EST-SSR标记挖掘及特征分析

学科分类 220.1070;森林植物学

作者 刘超  张力鹏  王春国  宋文芹  陈成彬 

作者单位 南开大学生命科学学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2013(F10)

页码 60-68

年份 2013 

分类号 S791.223 

关键词 日本落叶松  转录组测序  SSR  通用性 

文摘内容 基于日本落叶松转录组测序(RNA-seq)结果, 利用SSRIT工具查找SSR位点, 检测到1788个EST—SSR位点, 平均长度是17.5bp。进一步统计分析发现在落叶松中重复类型SSR位点出现次数最多的是六、三核苷酸, 其余依次是五、二、四核苷酸重复类型; 同时检测到656种重复基元类型, 种类丰富。用PrimerPremier5.0设计500对引物, 随机合成102对, 以红豆杉科、柏科、松科材料为模板进行检测, 结果显示在红豆杉科和柏科里的扩增率分别为95%、50%; 在松科不同属的通用性为落叶松属99.01%、黄杉属67.4%、雪松属63.8%、冷杉属67.4%、云杉属70.2%和松属75.7%。利用101对SSR引物对7种不同落叶松品种亲缘关系进行了分析, 获得79个多态性位点, 在遗传相似系数0.69处将其区分为4个类群。