美国红枫转录组SSR序列分析

编号 zgly0001732690

文献类型 期刊论文

文献题名 美国红枫转录组SSR序列分析

作者 郭聪  陈燕  王莹  谈峰  柯裴蓓  沙文锋  李玉娟 

作者单位 江苏沿江地区农业科学研究所 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2021,41(07)

页码 132-141

年份 2021 

分类号 S687 

关键词 美国红枫  SSR  转录组  序列分析 

文摘内容 【目的】旨在全面了解叶色多彩明亮、抗逆性强的美国红枫SSR位点信息及序列特征,为开发新的功能基因相关且多态性良好的SSR标记提供依据。【方法】以美国红枫不同叶色的叶片为试验材料,经转录组测序后,利用MISA软件对美国红枫1 kb以上的Unigene进行SSR位点搜索;通过Excel软件进行SSR分布和序列特征分析并用Prime 3软件设计引物。【结果】从美国红枫转录组测序数据中共获得Unigene 78 571条,其中长度≥1 kb的Unigene共23 278条。对长度≥1 kb的Unigene进行SSR位点搜索和分析,共获得12 974个SSR位点,出现频率为55.75%,平均约3.7 kb出现1个SSR位点;美国红枫转录组SSR重复碱基类型共有7种,其中单碱基为主要重复类型,占总SSR的54.12%,其次为双碱基和三碱基重复类型,分别占总SSR的20.64%和16.19%,其他的碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.05%。A/T、AT/TA与GAA/TTC分别为单碱基到三碱基的优势重复基元,分别占总SSR的53.95%、8.00%与1.65%,而四碱基的重复基元均较低,在0.05%以下;单碱基到六碱基各基元重复次数集中在5～22次之间,序列长度变化在10～48 bp之间,平均长度为18.43 bp;筛选出10 751个SSR符合引物设计要求,共设计出32 253对引物,占总SSR的82.87%。【结论】根据转录组测序结果,美国红枫转录组中SSR位点分布频率高,基序类型丰富,具有较高的多态性,在美国红枫遗传多样性和分子标记辅助育种中具有较大的应用潜力。