基于菊芋转录组的SSR分子标记开发及鉴定

编号 zgly0001577032

文献类型 期刊论文

文献题名 基于菊芋转录组的SSR分子标记开发及鉴定

作者 杨世鹏  孙雪梅  王丽慧  高洁铭  李莉  田洁  赵孟良  钟启文 

作者单位 青海大学农林科学院青海省蔬菜遗传与生理重点实验室  青海大学三江源生态和高原农牧业国家重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 Q943.2  S632.9 

关键词 菊芋  SSR  转录组  标记开发 

文摘内容 利用菊芋(Helianthus tuberosus L.)转录组测序获得的63 089条Unigene(45.71 Mb)进行SSR查找分析,共检测出6 635个SSR位点,包含于5 452条Unigene中,出现频率为10.52%,SSR位点发生频率为8.64%,其中SSR位点的主要类型为二核苷酸重复,占总SSR的45.24%,其次为三核苷酸重复。SSR位点中共包含180种重复基序,其中出现频率较高的基序主要有AG/CT、ACC/GGT、ATC/ATG、AAG/CTT。设计36对多态性SSR引物组合进行扩增和多态性评价,其中,20对引物存在多态性差异,占55.56%。利用20对引物对18个菊芋资源样品进行多样性分析,分析表明,有效等位基因(Ne)在SSR位点上变化幅度较小;Shannon指数平均值为0.622;期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)平均值分别为0.434和0.447。系统进化树显示,菊芋资源可从块茎表皮颜色上分为白皮和红皮2大类。此外,从地域来源上进行聚类,能将18份菊芋种质资源聚为5类。以上分析表明,菊芋转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,利用获得的SSR标记可为菊芋及其近缘种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、基因组比较研究等提供丰富可靠的标记选择。