马尾松转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发

编号 zgly0001648480

文献类型 期刊论文

文献题名 马尾松转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发

作者 陈晓明  李魁鹏  陈博雯  刘青华  周志春 

作者单位 中国林业科学研究院亚热带林业研究所  广西林业科学研究院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年19期

年份 2018 

分类号 S791.248 

关键词 马尾松  转录组  SSR  分子标记  序列特征 

文摘内容 为了开发马尾松SSR标记,本研究利用MISA软件对马尾松转录组测序获得的148 186条Unigene (序列总长约91 449.7 kb)进行全面分析,共搜索获得6 611个SSR位点,分布在6 003条Unigene上,SSR发生频率为4.05%,平均每13.83 kb出现1个SSR,结果发现单核苷酸重复出现的频率占总SSR的53.60%;二核苷酸为23.46%;三核苷酸为21.33%。通过对含SSR的Unigene的GO分析,显示生物过程包含的Unigene占40.60%;细胞组分包含的Unigene占35.45%,分子功能包含的Unigene占23.95%;转录组中有724个Unigene可被注释到110个KEGG通路中,其中被注释到新陈代谢的Unigene最多有312个,其次是遗传信息处理类有183个。根据含SSR的Unigene序列共设计了4 247对SSR引物,并随机挑选30对SSR引物进行PCR扩增验证,其中12对引物能够扩增出目标条带,引物的有效性为40%。本研究结果表明,马尾松转录组测序获得的Unigene序列可作为SSR标记开发的有效来源,所开发的SSR标记为马尾松的遗传图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供丰富可靠的标记。