基于高通量测序的辽东栎转录组学研究

编号 zgly0000883765

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的辽东栎转录组学研究

作者 刘玉林  李伟  张志翔 

作者单位 北京林业大学生物科学与技术学院  北京林业大学自然保护区学院 

母体文献 生物技术通报 

年卷期 2014(7)

页码 119-124

年份 2014 

关键词 辽东栎  Illumina Solexa  转录组  淀粉  SSR 

文摘内容 应用Illumina Solexa Hiseq 2000高通量测序技术对辽东栎的芽、花、叶及果实的混合样品进行转录组测序,结果共获得3.8 Gb的有效数据。应用Trinity软件对有效序列从头拼接去重复后,共获得95 800条unigene,总长度为73.57 Mb,最大长度、平均长度和N50分别为11 284 bp、768 bp和1 373 bp。利用Blastx与公共数据库Nr和Swiss-Prot的同源性比较(E值<1×10-5)发现,38 163条unigene未发现与公共数据库中的序列具有同源性。