半夏转录组中的SSR位点信息分析

编号 zgly0000911070

文献类型 期刊论文

文献题名 半夏转录组中的SSR位点信息分析

作者 王森  张震  姜倪皓  张广辉  沙本才  杨生超  陈军文 

作者单位 中南林业科技大学林学院  云南农业大学/云南省优势中药材规范化种植工程研究中心 

母体文献 中药材 

年卷期 2014(9)

页码 1566-1569

年份 2014 

关键词 半夏  转录组  SSR  位点信息 

文摘内容 目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索。结果:从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24%,分布密度为1/4.33 kb。二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15%和41.50%。AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54%和11.84%。