‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽的转录组SSR特征分析

编号 zgly0001743281

文献类型 期刊论文

文献题名 ‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽的转录组SSR特征分析

作者 李树战  王艺儒  孙鹏  李华威  傅建敏 

作者单位 中南林业科技大学林学院  中国林业科学研究院经济林研究所  经济林种质创新与利用国家林草局重点实验室 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2022,42(9)

页码 171-177

年份 2022 

分类号 S718.43  S665.2 

关键词 龙岩野柿1号  花芽转录组  SSR  位点信息 

文摘内容 【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征,为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列,运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索,分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82910条unigenes进行搜索,共在25349条unigenes上获得了38751条SSR序列,发生频率为30.57%,出现频率为46.74%,平均每2.94 kb会出现1个SSR序列;双碱基重复类型SSR位点数目最多,占总SSR数的50.59%,单碱基重复类型SSR数目次之,占比24.59%;单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT,分别占比22.8%、35.15%和7.77%,四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG,占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5~20为主,序列长度变化范围较大,为10~94 bp,共有11731个SSR位点的序列长度≥20 bp,占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富,具有较高的多态性,在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。