莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发

编号 zgly0001576117

文献类型 期刊论文

文献题名 莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发

作者 魏秀清  许玲  章希娟  余东  陈志峰  张丽梅  陈长忠  许家辉 

作者单位 福建省农业科学院果树研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S667.9 

关键词 莲雾  转录组  SSR  多态性 

文摘内容 对莲雾[Syzygium samarangense(Bl.)Merr.et Perry]开展转录组测序分析,共获得87 538条Unigene。利用MISA软件搜索1 kb以上的21 153条Unigene,共检测出11 641个SSR位点,分布于8 115条Unigene中,出现频率为55.03%,平均分布距离为4.08 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的43.44%、30.98%和24.38%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的26.99%,三核苷酸重复基元以CCG/CGG为主。利用Primer 3.0共设计出25 734对SSR引物。从94对有效扩增引物中随机选择35对引物,对30个莲雾种质进行多态性验证分析,其中25对(占71.43%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将30份供试材料分为2类。利用莲雾转录组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,可为莲雾遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。