蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发

编号 zgly0001525335

文献类型 期刊论文

文献题名 蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发

作者 张庆田  李晓艳  杨义明  范书田  艾军 

作者单位 中国农业科学院特产研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2016年03期

年份 2016 

分类号 S663.9 

关键词 蓝靛果忍冬  SSR  转录组  多态性 

文摘内容 利用MISA软件筛选蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea L.)转录组测序获得的45 656条Unigene,共检测出14 841个SSR位点,分布于11 251条Unigene中,出现频率为32.51%,平均分布距离为2.58 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的34.81%,42.79%和20.64%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点27.2%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占6.18%。利用Primer 3.0共设计出21 867对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中8对扩增出清晰可重复的条带,5对在16个蓝靛果忍冬材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将16份供试材料分为3类。丰富的SSR多态性为蓝靛果忍冬遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。