利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

编号 zgly0001576099

文献类型 期刊论文

文献题名 利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

作者 李永平  刘建汀  陈敏氡  张前荣  朱海生  温庆放 

作者单位 福建省农业科学院作物研究所/福建省农业科学院蔬菜研究中心/福建省蔬菜工程技术研究中心 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S649 

关键词 黄秋葵  转录组  SSR  多态性 

文摘内容 通过对黄秋葵(Hibiscus esculentus L.)转录组信息分析,共获得74 600条unigene,全部序列有52 976 011 bp;有3 191条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出3 448个SSR位点,其中有235条序列包含1个以上SSR,复合SSR有123个。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的60.79%和21.43%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的11.02%,三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主,占总位点的19.61%。利用Primer 3.0共设计出8 088对SSR引物。从87对有效扩增引物中随机选择60对用于32份黄秋葵种质的多态性验证分析,其中36对(占60%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将32份供试材料分为2类。利用黄秋葵转录组数据进行SSR标记开发,能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。