大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

编号 zgly0001632353

文献类型 期刊论文

文献题名 大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

作者 牛元  徐琼  王嵛德  代立兰  庄健  赵亚兰 

作者单位 兰州市农业科技研究推广中心 

母体文献 西北林学院学报 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S685.12 

关键词 大花香水月季  叶绿体基因组  GC含量  密码子使用  最优密码子 

文摘内容 以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱。3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35%,第1轴与CAI、CBI呈负显著相关。4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁。5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾。综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。