文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

编号 zgly0000780844

文献类型 期刊论文

文献题名 文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 李冬梅  吕复兵  朱根发  操君喜  孙映波  刘海林  王真 

作者单位 广东省农科院花卉研究所/广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室 

母体文献 广东农业科学 

年卷期 2012,39(10)

页码 61-65

年份 2012 

分类号 S682.31 

关键词 文心兰  叶绿体基因组  密码子使用  对应分析  GC含量  最优密码子 

文摘内容 通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究, 利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明, 文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%, 明显低于GC1和GC2含量, 说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(r=0.572^**), GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556^**), 与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281, 均未达到显著水平; GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381^*和-0.354^*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合, 确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子.