圆红冬孢酵母的密码子用法分析

编号 zgly0001652767

文献类型 期刊论文

文献题名 圆红冬孢酵母的密码子用法分析

作者 张琦  焦翔  刘香健  张月  张素芳  赵宗保 

作者单位 中国科学院大连化学物理研究所  中国科学院大学 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2018年11期

年份 2018 

分类号 Q755 

关键词 密码子偏好性  高表达优越密码子  密码子使用频率  相对同义密码子使用度  有效密码子数 

文摘内容 运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。