黄皮转录组密码子使用偏好性分析

编号 zgly0001648466

文献类型 期刊论文

文献题名 黄皮转录组密码子使用偏好性分析

作者 陆育生  彭程  陈喆  常晓晓  邱继水  林志雄  潘建平 

作者单位 广东省农业科学院果树研究所广东省热带亚热带果树研究重点实验室农业部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年18期

年份 2018 

分类号 S666.6 

关键词 黄皮  转录组  密码子用法  高频密码子  密码子偏好性 

文摘内容 为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点,以转录组测序获得的12 696条编码蛋白基因序列为数据来源,利用CodonW 14.4软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effective number of codon, ENC)、同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon, RFSC)等密码子使用参数进行计算和统计,发现黄皮表达基因密码子的平均GC含量为0.448,同义密码子第3位核苷酸的平均GC含量(GC3S)为0.400。表达基因整体的ENC取值为56.5,其中绝大部分的ENC值大于35,说明黄皮表达基因密码子使用偏好性程度整体水平较低。通过高频密码子分析法确定了GCU、AGA、AAU、GAU、AUU、UUU、UCU、CAU、CUU、UUG和GUU 11个高频密码子。将黄皮的密码子使用频率与人、小鼠、果蝇、酵母、大肠杆菌5种模式生物以及拟南芥、水稻、葡萄、草莓4种不同类型植物进行比较,发现其与果蝇和大肠杆菌存在较大差异,而与拟南芥和葡萄基本一致。以上研究结果对黄皮基因合适表达系统的选择以及外源基因在黄皮中的高效表达具有重要指导意义。