黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析

编号 zgly0001571904

文献类型 期刊论文

文献题名 黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析

作者 陆育生  陈喆  常晓晓  邱继水  林志雄  潘建平 

作者单位 广东省农业科学院果树研究所农业部南亚热带果树生物学及遗传资源利用重点实验室广东省热带亚热带果树研究重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年01期

年份 2018 

分类号 S666.6 

关键词 黄皮  转录组  SSR  可用性分析 

文摘内容 利用MISA软件筛选黄皮(Clausena lansium)转录组测序获得的68 998条Unigene,共检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点11 825个,分布于11 000条Unigene中,出现频率为17.14%,平均分布距离为4.41 kb。6种SSR位点类型中主要为单、二、三个核苷酸重复,分别占总SSR位点的41.48%、24.92%和27.53%。11 825个SSR位点中共发现207种重复基序,重复次数在4~24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AAG/CTT和AAT/ATT。位点序列长度分布在12~25 bp之间,其中12~15 bp最多,占50.95%(6 025个SSR位点)。通过Primer 3设计得到6 102对SSR引物,随机选择30对引物进行多态性验证分析,结果显示24对有效扩增引物中,13对引物在16份不同黄皮种质中表现出多态性。以上结果表明,黄皮转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,开发的大批量SSR标记可为黄皮种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。