云南松转录组SSR的分布及其序列特征

编号 zgly0000989984

文献类型 期刊论文

文献题名 云南松转录组SSR的分布及其序列特征

作者 蔡年辉  许玉兰  徐杨  邓丽丽  周丽  王大玮  何承忠  段安安 

作者单位 西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室  国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室  西南林业大学西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室 

母体文献 云南大学学报;自然科学版 

年卷期 2015(5)

页码 770-778

年份 2015 

关键词 云南松  SSR  转录组 

文摘内容 分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80 000条转录组Unigene序列中,搜索到2 455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25 bp,其中近90%的集中在12~20 bp,平均16.09 bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2 899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增。