柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

编号 zgly0001399680

文献类型 期刊论文

文献题名 柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

作者 李京生  杨瑞生  贾萍  石生林  刘彦群  潘敏慧  秦利 

作者单位 沈阳农业大学生物科学技术学院  西南大学农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2011年02期

年份 2011 

分类号 S885.1 

关键词 柞蚕核型多角体病毒  家蚕核型多角体病毒  同义密码子  密码子偏好性 

文摘内容 基因组中的基因和基因密码子组成不同使柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)与家蚕核型多角体病毒(BmNPV)间不能交叉感染。通过计算有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、GC含量、GC3s含量、密码子适应指数(CAI),比较分析ApNPV和BmNPV同义密码子使用模式差异。ApNPV和BmNPV的密码子偏好性均较弱,但二者的ENc值和GC含量差异显著;除碱基组成外,还存在其它因素影响密码子使用模式,但各影响因素的贡献率均较低,在基于密码子使用频率的对应分析中BmNPV的第1、第2向量轴贡献率均低于ApNPV;ApNPV的基因表达水平与GC含量、GC3s含量以及ENc值极显著相关(r分别为0.418、0.735、-0.628,P=0.000),而BmNPV的基因表达水平只与GC3s含量呈弱相关(r=0.214,P=0.010)。分析结果显示,ApNPV和BmNPV的密码子偏好性虽均较弱,但同义密码使用模式及其影响因素存在差异。