蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析

编号 zgly0001565592

文献类型 期刊论文

文献题名 蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析

作者 石生林  张莹  王国宝  王勇  刘彦群  杨瑞生  秦利 

作者单位 沈阳农业大学生物科学技术学院  辽宁省昆虫资源工程技术研究中心 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2017年01期

年份 2017 

分类号 S885.2 

关键词 蓖麻蚕核型多角体病毒  柞蚕核型多角体病毒  密码子偏好性  密码子使用模式  适应性 

文摘内容 蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phcy NPV和Anpe NPV的密码子使用模式。Phcy NPV、Anpe NPV分别只有1个和4个ORF的密码子偏好性较强。与Anpe NPV比较,Phcy NPV少数ORF的GC含量、GC3s含量、有效密码子数量和密码子偏好参数变化较大,但2种病毒ORF组间的GC含量、GC3s含量、有效密码子数和密码子偏好参数均无统计学差异(P=0.135、P=0.189、P=0.192、P=0.200)。2种病毒ORF组间,由同义密码子编码的18种氨基酸的密码子使用均无统计学差异(P>0.05),鉴定的17种偏好性密码子也均相同。GC碱基组成是影响2种病毒ORF组密码子使用模式的主要因素,而自然选择对GC碱基组成的影响大于突变压力,但2种病毒间自然选择的影响程度无统计学差异(P=0.770)。Phcy NPV在适应新宿主蓖麻蚕的进化过程中密码子使用模式变化较小,尚不能通过密码子使用模式分析解释杆状病毒在不同宿主间的交叉感染机制。