昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析

编号 zgly0001433618

文献类型 期刊论文

文献题名 昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析

作者 李苗苗  谌苗苗  姜义仁  石生林  刘彦群  秦利 

作者单位 沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2012年01期

年份 2012 

分类号 S884  S888.7 

关键词 昆虫共生细菌  沃尔巴克氏体  外膜蛋白基因  碱基组成  密码子使用模式 

文摘内容 沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标。结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小;多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱;18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾;供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys);对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53%和12.49%,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关。综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响。