瘟病毒属3种病毒多聚蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析

编号 zgly0000980786

文献类型 期刊论文

文献题名 瘟病毒属3种病毒多聚蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 王国超  乔军  孟庆玲  刘昱成  杨海波  贺志昊  彭叶龙  谢堃  陈创夫 

作者单位 石河子大学动物科技学院预防兽医学重点实验室 

母体文献 西北农林科技大学学报;自然科学版 

年卷期 2015(1)

页码 7-13

年份 2015 

关键词 黄病毒科瘟病毒属  多聚蛋白酶基因  同义密码子  偏爱性 

文摘内容 【目的】分析黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV)3种病毒多聚蛋白酶基因密码子的使用特点,初步探讨3种病毒多聚蛋白酶基因的进化及对不同宿主的适应策略。【方法】运用EMBOSS软件的CHIPS和CUSP程序及CodonW在线分子生物学软件,分析CSFV、BVDV和BDV的有效密码子数(ENc),碱基GC含量(Gcall),密码子第1、2、3位GC含量(GC1、GC2、GC3),相对同义密码子使用度(RSCU)及同义密码子第3位的GC含量(GC3s),并对3种病毒多聚蛋白酶基因的ENc进行绘图分析。